2011년 6월 2일 CJ관 파천
본부점거로 업무에 곤란을 겪게 된 오연천 총장이 총장실을 CJ관으로 임시로 옮겼다는 의혹이 제기됐다. 오후 5시 20분경, CJ관 앞에는 조립식 칸막이와 의자들을 실은 트럭이 서 있었다. 현장에서 이를 나르던 인부는 총장실이 CJ관으로 옮겨오는 것이 맞다고 말했다. 이에 반해 국제협력본부 직원들은 사실과 다르다는 엇갈린 진술을 내놓았다. 그 와중에 CJ관 내부에 서너 명의 본부직원들이 모여 있는 것이 목격됐다. 이들 중에는 오연천 총장의 비서실장도 포함돼 있었다. 칸막이와 의자를 비롯한 사무용품이 CJ관으로 운반된 이유에 대해 한 본부직원은 “업무 공간 확보를 위해서”라고 답변했다.
2011년 6월 2일 근로장학금 미지급
본부 측은 근로장학금, 시간강사 강사료, 일용직 급여 등의 지급 업무가 본부점거로 인해 차질을 빚게 됐다는 입장을 밝혔다. 본부 측은 6월 2일, 본부점거로 인해 지급이 제대로 이뤄지고 있지 못하다며 이해를 바란다는 내용을 담은 메일을 서울대 구성원들에게 보냈다. 곧 학생들 사이에서 큰 파문이 일었다. 지급 업무를 담당하는 복지과는 점거 및 봉쇄의 대상이 아니었기 때문이다. 업무이행 의지가 없는 본부 측이 경제적 약자를 볼모로 여론몰이를 하고 있는 것 아니냐는 비난이 쏟아졌다. 다음날 CJ국제관에는 학교 측의 악의적인 근로장학금 미지급을 규탄하는 자보가 붙었다. 이후 총학생회의 항의에 학교 측은 6월 7일, 관련 업무를 모두 처리하기로 했다.
